Software

In de bioinformatica wordt gebruik gemaakt van allerlei handige computerprogramma's (software) en websites (browser based tools). Op deze pagina staat een kort overzicht van de meest gebruikte bioinformatica tools.

NaviGene

NaviGene kunt u gebruiken voor navigatie door deze programma's.

3D-eiwitvisualisatie

In de bioinformatica wordt veel met eiwitten gewerkt. Met behulp van visualisatieprogramma's kunnen zij de structuur van een eiwit bekijken. Dergelijke programma's laten het eiwit niet alleen zien, maar men kan het ook configureren (bv. Draaien en zoomen), muteren (bv. aminozuren veranderen) of combineren (bv. een enzym met een substraat). Op deze manier kunnen bioinformatici voorspellingen doen over de functie van een eiwit, bestuderen waar zich het actieve centrum bevindt, of zelfs de structuur van een nieuw eiwit voorspellen.

Yasara is een programma dat veel wordt gebruikt door de afdeling bioinformatica van het UMC St. Radboud. De view-versie van dit visualisatieprogramma kun je gratis downloaden via www.yasara.org. Een beknopte instructie kun je vinden in deze pdf. Het programma voorziet zelf ook in instructies via tutorials. Deze kun je vinden in het programma onder -help movies-.

Natuurlijk zijn er ook andere programma's die eiwitten in 3D kunnen laten zien. Bijvoorbeeld Jmol. 3D-eiwitbestanden kun je downloaden via de eiwit databank PDB. Om het juiste eiwit met bijbehorende PDB-code te vinden kan Protopedia helpen.

Alignen

Om genen of eiwitten met elkaar te vergelijken, kijken bioinformatici naar de basen- of aminozuurvolgorde (EN: sequence). Twee basenvolgordes van genen worden onder elkaar gezet en base voor base met elkaar vergeleken. Zo wordt een zogenoemde alignment gemaakt. Hoe meer de volgordes op elkaar lijken, hoe hoger de alignmentscore.

ClustalW2 is een online tool dat meerdere volgordes met elkaar kan vergelijken. Instructies hiervoor staan beschreven in de NaviGene, pagina 9. Als je meer dan twee sequenties met elkaar vergelijkt maakt ClustalW2 niet alleen een alignment, maar ook een fylogenetische boom op basis van de alignmentscores.